5. Les gènes balayés (fr)

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Ces derniers temps, j’ai échangé quelques mails avec M. Zoltàn Horusitzky qui travaille principalement sur la flûte moustérienne de Divje Babe – nous y reviendrons plus tard -, mais aussi sur les études génétiques dont je parle ici.

Sans aller dans le détail, M. Horusitzky (zhorusitzky@voila.fr) est également critique sur cette étude peu claire. Il m’a appris l’histoire du fameux pourcentage de 99,7% (et 99,84%) que l’on retrouve dans la presse et que j’indiquais ici:

Je le cite:

Le pourcentage 99,7 % :
Aucun élément sûr. Le chiffre a dû être annoncé le 6 mai 2010 au cours d’une téléconférence de Pääbo, Green et Reich avec interdiction de les diffuser avant le 7 mai, la parution de Science. Or le 7 mai le pourcentage est introuvable dans Science mais les journalistes les répandent partout.

Le pourcentage de 99,84 : a été communiqué à Ann Gibbons bien avant le
6 mai puisque elle l’a publié dans le même numéro de Science que le Draft Sequence accepté par la revue déjà en avril.
Calcul : 12,67% x 0,0128 = 0,16, Figure 2 de Green et al. 2010. (Douteux)
Alors pourquoi ont-il joué à cache-cache avec le 99,7 % par la suite ?

Je ne suis pas de ceux qui recherchent le pourcentage exact de génome néandertalien en nous. Evidement j’aimerai le savoir, mais je crois que c’est une fausse piste. Il y a bien trop d’éléments manquants, erronés, impossibles à retrouver ou à l’origine faussés, pour trouver un chiffre exact. Il faut s’assurer que les individus choisi soient réellement représentatifs de leur groupe, or nous avons vu que ce n’était pas le cas pour les individus modernes, et ce n’est pas non plus le cas pour les individus néandertaliens. Alors que faire de ces malheureux résultats? Ce que l’on peut il me semble. C’est-à-dire les décortiquer afin d’en tirer avec force un semblant de vérité.

1) Pourcentages et fausses statistiques

De fait, reprenons le pourcentage de 99,7%. Il représente donc, notre (mais celle de qui? Des Européens? Ou des asiatiques? Ou encore des Papous?) part de génome qui est identique à celui de Néanderthal. Mais quel Néanderthal? Vindija et Mezmaiskaya?

Dans le dessin suivant, j’ai pris comme base le fait que les 99,7% cités concernent l’individu Han qui récolte, comme expliqué dans l’article précédent, la plus grande part des résultats officiels. L’ADN dit « néandertalien » avec lequel il est comparé serait l’ADN néandertalien de référence, soit Vindija et Mezmaiskaya.

L’ADN « néandertalien » est, de fait imaginaire, puisque j’estime que L’ADN néandertalien de référence est largement hybridé.
En effet, il lui a été ajouté pour enrichir sa diversité 2% d’ADN néandertalien de Mezmaiskaya, qui lui même est hybridé à Denisova (voir l’article précédent). Donc l’ADN néandertalien de référence est potentiellement denisovien (asiatique) à 2%.

Si on tente de retirer ces 2%, pour n’avoir plus que l’ADN de Vindija, nous sommes, là aussi confrontés à un problème d’hybridation. Nous ne savons pas combien d’ADN denisovien ces individus de Vindija retiennent, mais même en faisant abstraction de cela, nous savons qu’il est fort probable que ces individus aient été hybridés aux africains, compte tenu de leur age (Vindija date de -38 000 ans alors que l’hybridation a probablement eu lieu au moyen-orient entre -80 000 ans et -100 000 ans), et même des résultats génétiques (jusqu’à 1,5%).

A cela s’ajoute les éléments précédemment détaillés, notamment le fait invraisemblable que l’ADN dit « européen » soit tiré de deux mormons d’Amérique.

Le graphique présenté ici ne sont donc pas à prendre au pied de la lettre, mais ils sont donc censés montrer les éventuelles absurdités des résultats énoncés, sans qu’ils ne fassent le tour de toutes les failles.

Le tableau suivant est le tableau des résultats, visible dans l’article précédent mais coloré cette fois, pour plus de visibilité. Il montre clairement les 1,5% d’ADN « néandertalien » (il s’agit en fait de l’inverse, l’ADN dit néandertalien contenant de l’ADN Yoruba) chez l’individu Yoruba (africain) NA19240. Ceci pourrait être une simple erreur sortie du contexte, mais alors comment expliquer les résultats des comparaisons des individus européens et chinois avec les individus Yoruba NA18517 et Yoruba NA19240?
L’européen NA12156 comparé à un individu Yoruba ne contenant pas d’ADN dit «néandertalien » possède subitement 5,1% d’ADN néandertalien en plus, tandis qu’il n’en possède que 3,1% en plus face à l’individu Yoruba contenant de l’ADN néandertalien: Yoruba NA19240. L’individu Chinois quant à lui, qui n’est sans doute pas hybridé à l’africain, mais à Denisova, s’en tire avec 3,9% de plus d’ADN dit néandertalien comparé à l’individu Yoruba NA18517 et avec 5,4% de plus d’ADN dit néandertalien comparé à l’individu Yoruba NA19240.

GRAPHIQUE:

Atala Neanderthal genetic studies Max Planck graph

Neanderthal genome graph

TABLEAU:

Atala Neanderthal genome project table 4

Neanderthal genome table 4

2) Selection sweep scan (Score S).

Maintenant que nous en savons un peu plus sur les pourcentages exposés, il semble clair que l’individu dit « européen » soit celui qui retienne le plus d’ADN néandertalien effectif.

Mais alors à quoi correspond cette part d’ADN néandertalien?
Encore une fois, il faut savoir se poser la question dans l’autre sens: quelle part d’ADN correspond le moins à l’ADN néandertalien?

Les scientifiques de l’institut Max Planck se posent cette question sous couvert « d’évolution positive ». En effet, rappelez-vous, comme nous l’expliquions auparavant, ils sont avant tout préoccupés par ce qui fait de nous des créatures différentes de Néandertal. Sans doute parce que le reste est néandertalien, il s’agit de s’attaquer aux différences plutôt qu’aux ressemblances.
Intéressons-nous alors à ce qu’ils nous donnent, c’est-à-dire le Score S ou Selective Sweep Scan.
Et encore plus précis, les 5% de scores les plus bas du score S.

http://genome-mirror.1med.uni-kiel.de/cgi-bin/hgTrackUi?&c=chr1&g=ntSssTop5p

This track shows regions of the human genome with a strong signal for depletion of Neandertal-derived alleles (regions from the Sel Swp Scan (S) track with S scores in the lowest 5%), which may indicate an episode of positive selection in early humans.

Etude de Green:

We also sorted this list of 212 regions by genetic
width. S is related to the statistical depletion of Neandertal alleles within a region. It can
thus be considered a ranking of confidence that there is a signal for a selective sweep at
all. Genetic width, calculated using the recombination map of Myers and co-workers
(S70), should be proportional to the strength of the selective sweep, if one occurred. This
is because a stronger sweep will pass through a population in fewer generations, and thus
fewer recombinations, than a slower sweep. The top candidate by genetic width
prioritization, containing the gene THADA is shown in Figure 4C.

Le tableau sur lequel nous travaillerons, Table S37, qui est trop long à recopier ici, mais que vous retrouvez dans ce même compte rendu d’étude, montre donc les régions du génome néandertalien, et les gènes, qui ont étés balayées le plus vite, et qui donc sont le moins présent, à l’état néandertalien, dans le génome moderne.

Je les traite dans le sens inverse du tableau, c’est-à-dire que je commence par les régions du génome, ou gènes, qui ont été balayés le plus rapidement (en peu de générations), pour avancer vers ceux qui ont été balayés en plus de temps.
J’ai regardé ces gènes un à un, mais je n’ai retenu que les plus pertinents. Il faut quand même savoir que les autres codent pour des éléments généraux tels que le fonctionnement de l’ADN, le fonctionnement des cellules, le métabolisme, la coagulation du sang, et le système immunitaire. Certains ont un fonctionnement qui n’est pas connu.

La plupart des informations sont récoltées sur les sites http://www.biogps.org ouhttp://www.genecards.org, les termes marqués GO:……… peuvent être vérifiés surhttp://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/go.cgi, en copiant le code correspondant.

VPS13B
CERVEAU/APPAREIL VISUEL

http://biogps.org/#goto=genereport&id=157680
Bilogical Process
protein localization (GO:0008104)
protein transport (GO:0015031)

http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=VPS13B
This gene encodes a potential transmembrane protein that may function in vesicle-mediated transport and sorting of proteins within the cell. This protein may play a role in the development and the function of the eye, hematological system, and central nervous system. Mutations in this gene have been associated with Cohen syndrome. Multiple splice variants encoding distinct isoforms have been identified for this gene.

MYO9A
APPAREIL VISUEL

http://biogps.org/#goto=genereport&id=4649
Biological Process
small GTPase mediated signal transduction (GO:0007264)
visual perception (GO:0007601)
regulation of small GTPase mediated signal transduction (GO:0051056)
Cellular Component
cytosol (GO:0005829)
membrane (GO:0016020)
integral to membrane (GO:0016021)
unconventional myosin complex (GO:0016461)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4649
This gene encodes a member of the myosin superfamily. The protein represents an unconventional myosin; it should not be confused with the conventional non-muscle myosin-9 (MYH9). Unconventional myosins contain the basic domains of conventional myosins and are further distinguished from class members by their tail domains. They function as actin-based molecular motors. Mutations in this gene have been associated with Bardet-Biedl Syndrome. [provided by RefSeq, Dec 2011]

http://fr.wikipedia.org/wiki/Syndrome_de_Bardet-Biedl
(rétinite pigmentaire)

MTMR8
CERVEAU/MUSCLES

http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=MTMR8

This gene encodes a member of the myotubularin-related family and is part of the MTMR6 subgroup. Family members are dual-specificity phosphatases and the encoded protein contains a phosphoinositide-binding domain (PID) and a SET-interacting domain (SID). Defects in other family members have been found in myotubular myopathic diseases.
(provided by RefSeq)

RHOA
CERVEAU

http://en.wikipedia.org/wiki/RHOA

http://biogps.org/#goto=genereport&id=387

Biological Process
cell morphogenesis (GO:0000902)
GTP catabolic process (GO:0006184)
regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0006357)
cell cycle (GO:0007049)
cell adhesion (GO:0007155)
cell-matrix adhesion (GO:0007160)
small GTPase mediated signal transduction (GO:0007264)
Rho protein signal transduction (GO:0007266)
axon guidance (GO:0007411)
skeletal muscle tissue development (GO:0007519)
blood coagulation (GO:0007596)
actin cytoskeleton organization (GO:0030036)
cell differentiation (GO:0030154)
platelet activation (GO:0030168)
regulation of cell migration (GO:0030334)
androgen receptor signaling pathway (GO:0030521)
negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway (GO:0033144)
regulation of osteoblast proliferation (GO:0033688)
positive regulation of NF-kappaB import into nucleus (GO:0042346)
positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB cascade (GO:0043123)
apical junction assembly (GO:0043297)
negative regulation of neuron apoptosis (GO:0043524)
ossification involved in bone maturation (GO:0043931)
interspecies interaction between organisms (GO:0044419)
positive regulation of neuron differentiation (GO:0045666)
nerve growth factor receptor signaling pathway (GO:0048011)
phosphatidylinositol-mediated signaling (GO:0048015)
regulation of axonogenesis (GO:0050770)
negative regulation of axonogenesis (GO:0050771)
positive regulation of axonogenesis (GO:0050772)
regulation of small GTPase mediated signal transduction (GO:0051056)
cell division (GO:0051301)
positive regulation of stress fiber assembly (GO:0051496)
trabecula morphogenesis (GO:0061383)
positive regulation of cell cycle cytokinesis (GO:0071777)
spindle assembly involved in mitosis (GO:0090307)

LAMB2
CERVEAU/APPAREIL VISUEL/NEURONES

http://biogps.org/#goto=genereport&id=3913

Biological Process
cell morphogenesis involved in differentiation (GO:0000904)
cell adhesion (GO:0007155)
neuromuscular junction development (GO:0007528)
visual perception (GO:0007601)

astrocyte development (GO:0014002)
Schwann cell development (GO:0014044)
neuron projection development (GO:0031175)
axon extension involved in regeneration (GO:0048677)
retina development in camera-type eye (GO:0060041)
metanephric glomerular visceral epithelial cell development (GO:0072249)
metanephric glomerular basement membrane development (GO:0072274

RAB3GAP1
CERVEAU/APPAREIL VISUEL/FACE

http://biogps.org/#goto=genereport&id=22930

Biological Process
brain development (GO:0007420)
hypothalamus development (GO:0021854)
positive regulation of Rab GTPase activity (GO:0032851)
camera-type eye development (GO:0043010)
regulation of GTPase activity (GO:0043087)
face morphogenesis (GO:0060325)

http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=RAB3GAP1
http://en.wikipedia.org/wiki/Micro_syndrome

STRBP
SPERMATOGENESE/FONCTIONNEMENT REPRODUCTIF/ORGANES SENSORIELS

http://biogps.org/#goto=genereport&id=55342

Biological Process
cellular component movement (GO:0006928)
multicellular organismal development (GO:0007275)
spermatogenesis (GO:0007283)
spermatid development (GO:0007286)
mechanosensory behavior (GO:0007638)
cell differentiation (GO:0030154)

TSGA10
SPERMATOGENESE

http://biogps.org/#goto=genereport&id=80705

Biological Process
spermatogenesis (GO:0007283)
cell projection assembly (GO:0030031)

DDX5
APPAREIL GENITAL

http://biogps.org/#goto=genereport&id=1655

Biological Process
negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0000122)
regulation of alternative nuclear mRNA splicing, via spliceosome (GO:0000381)
nuclear mRNA splicing, via spliceosome (GO:0000398)
RNA splicing (GO:0008380)
cell growth (GO:0016049)
positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway (GO:0033148)
positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator (GO:0043517)
regulation of osteoblast differentiation (GO:0045667)
positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0045944)
regulation of androgen receptor signaling pathway (GO:0060765)
signal transduction by p53 class mediator resulting in induction of apoptosis (GO:0072332)
regulation of skeletal muscle cell differentiation (GO:2001014)

PVRL3
APPAREIL VISUEL/FECONDATION

http://biogps.org/#goto=genereport&id=25945

Biological Process
lens morphogenesis in camera-type eye (GO:0002089)
homophilic cell adhesion (GO:0007156)
fertilization (GO:0009566)
cell junction assembly (GO:0034329)
adherens junction organization (GO:0034332)
cell-cell junction organization (GO:0045216)
retina morphogenesis in camera-type eye (GO:0060042)

COL8A1
APPAREIL VISUEL

http://biogps.org/#goto=genereport&id=1295

Biological Process
angiogenesis (GO:0001525)
cell adhesion (GO:0007155)
positive regulation of cell-substrate adhesion (GO:0010811)
camera-type eye morphogenesis (GO:0048593)
epithelial cell proliferation (GO:0050673)

OTX1
CERVEAU/OREILLE INTERNE/ORGANES SENSORIELS

http://biogps.org/#goto=genereport&id=5013

Biological Process
regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355)
regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0006357)
multicellular organismal development (GO:0007275)
anterior/posterior pattern specification (GO:0009952)
forebrain development (GO:0030900)
midbrain development (GO:0030901)
inner ear morphogenesis (GO:0042472)

http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=OTX1

This gene encodes a member of the bicoid sub-family of homeodomain-containing transcription factors. The encoded protein acts as a transcription factor and may play a role in brain and sensory organ development. A similar protein in mouse is required for proper brain and sensory organ development and can cause epilepsy. Alternate splicing results in two transcript variants that encoded the same protein.

SLC25A31
GAMETES MALES

http://biogps.org/#goto=genereport&id=83447

Biological Process
transmembrane transport (GO:0055085)
Cellular Component
mitochondrion (GO:0005739)
mitochondrial inner membrane (GO:0005743)
cilium (GO:0005929)
membrane (GO:0016020)
integral to membrane (GO:0016021)
flagellum (GO:0019861)

OSR2
FORMATION EMBRYONNAIRE/APPAREIL AUDITIF/APPAREIL VISUEL FORMATION DE LA BOUCHE/FORMATION DE LA TÊTE

http://biogps.org/#goto=genereport&id=116039

Biological Process
negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0000122)
metanephros development (GO:0001656)
mesonephros development (GO:0001823)
chondrocyte differentiation (GO:0002062)
positive regulation of cell proliferation (GO:0008284)
embryo development (GO:0009790)
positive regulation of gene expression (GO:0010628)
cell differentiation (GO:0030154)
positive regulation of bone mineralization (GO:0030501)
osteoblast proliferation (GO:0033687)
embryonic forelimb morphogenesis (GO:0035115)
embryonic hindlimb morphogenesis (GO:0035116)
embryonic skeletal limb joint morphogenesis (GO:0036023)
middle ear morphogenesis (GO:0042474)
odontogenesis (GO:0042476)
embryonic digit morphogenesis (GO:0042733)
positive regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0045893)
positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0045944)
embryonic skeletal system morphogenesis (GO:0048704)
positive regulation of epithelial cell proliferation (GO:0050679)
palate development (GO:0060021)
embryonic skeletal joint morphogenesis (GO:0060272)
head development (GO:0060322)
bone morphogenesis (GO:0060349)
eyelid development in camera-type eye (GO:0061029)
embryonic skeletal joint development (GO:0072498)

EIF2B2
ORGANES SENSORIELS/SYSTEME NERVEUX

http://biogps.org/#goto=genereport&id=8892

Biological Process
ovarian follicle development (GO:0001541)
translation (GO:0006412)
translational initiation (GO:0006413)
translational initiation (GO:0006413)
regulation of translational initiation (GO:0006446)
regulation of translational initiation (GO:0006446)
central nervous system development (GO:0007417)
response to heat (GO:0009408)
response to heat (GO:0009408)
response to glucose stimulus (GO:0009749)
gene expression (GO:0010467)
oligodendrocyte development (GO:0014003)
myelination (GO:0042552)
response to peptide hormone stimulus (GO:0043434)
cellular metabolic process (GO:0044237)
cellular protein metabolic process (GO:0044267)
cellular response to stimulus (GO:0051716)

TMED10
CERVEAU

http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TMED10

This gene is a member of the EMP24/GP25L/p24 family and encodes a protein with a GOLD domain. This type I membrane
protein is localized to the plasma membrane and golgi cisternae and is involved in vesicular protein trafficking. The
protein is also a member of a heteromeric secretase complex and regulates the complex’s gamma-secretase activity
without affecting its epsilon-secretase activity. Mutations in this gene have been associated with early-onset familial Alzheimer’s disease. This gene has a pseudogene on chromosome 8. (provided by RefSeq)

AUTS2
CERVEAU?

http://biogps.org/#goto=genereport&id=26053
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17211639

Mutations in autism susceptibility candidate 2 (AUTS2) in patients with mental retardation.
Abstract
We report on three unrelated mentally disabled patients, each carrying a de novo balanced translocation that truncates the autism susceptibility candidate 2 (AUTS2) gene at 7q11.2. One of our patients shows relatively mild mental retardation; the other two display more profound disorders. One patient is also physically disabled, exhibiting urogenital and limb malform9
post-embryonic development (GO:0009791)
negative regulation of gene expression (GO:0010629)
negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway (GO:0010642)
negative regulation of neuron projection development (GO:0010977)
response to insulin stimulus (GO:0032868)
inositol trisphosphate metabolic process (GO:0032957)
response to drug (GO:0042493)
negative regulation of MAP kinase activity (GO:0043407)
negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway (GO:0043569)
cellular lipid metabolic process (GO:0044255)
negative regulation of insulin receptor signaling pathway (GO:0046627)
phosphatidylinositol phosphorylation (GO:0046854)

HOXD11
EMBRYON

http://biogps.org/#goto=genereport&id=3237

Biological Process
skeletal system development (GO:0001501)
metanephros development (GO:0001656)
branching involved in ureteric bud morphogenesis (GO:0001658)
organ induction (GO:0001759)
regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355)
pattern specification process (GO:0007389)
anterior/posterior pattern specification (GO:0009952)
dorsal/ventral pattern formation (GO:0009953)
proximal/distal pattern formation (GO:0009954)
positive regulation of cell development (GO:0010720)
positive regulation of chondrocyte differentiation (GO:0032332)
embryonic digit morphogenesis (GO:0042733)
developmental growth (GO:0048589)
cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis (GO:0060351)

HOXD8
EMBRYON

http://biogps.org/#goto=genereport&id=3234

Biological Process
negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0000122)
regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355)
multicellular organismal development (GO:0007275)
anterior/posterior axis specification, embryo (GO:0008595)
anterior/posterior pattern specification (GO:0009952)
skeletal system morphogenesis (GO:0048705)

HOXD1
EMBRYON

http://biogps.org/#goto=genereport&id=3231
Biological Process
multicellular organismal development (GO:0007275)
embryonic skeletal system development (GO:0048706)

HOXD10
EMBRYON/CERVEAU

http://biogps.org/#goto=genereport&id=3236
Biological Process
skeletal system development (GO:0001501)
multicellular organismal development (GO:0007275)
skeletal muscle tissue development (GO:0007519)
adult locomotory behavior (GO:0008344)
anterior/posterior pattern specification (GO:0009952)
proximal/distal pattern formation (GO:0009954)
spinal cord motor neuron cell fate specification (GO:0021520)
embryonic limb morphogenesis (GO:0030326)
forelimb morphogenesis (GO:0035136)
hindlimb morphogenesis (GO:0035137)
positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0045944)
embryonic skeletal system morphogenesis (GO:0048704)
peripheral nervous system neuron development (GO:0048935)
neuromuscular process (GO:0050905)

HOXD13
APPAREIL GENITAL/EMBRYON

http://biogps.org/#goto=genereport&id=3239
Biological Process
skeletal system development (GO:0001501)
regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355)
transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0006366)
multicellular organismal development (GO:0007275)
pattern specification process (GO:0007389)
anterior/posterior pattern specification (GO:0009952)
gland morphogenesis (GO:0022612)
male genitalia development (GO:0030539)
regulation of cell proliferation (GO:0042127)
embryonic digit morphogenesis (GO:0042733)
positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0045944)
embryonic hindgut morphogenesis (GO:0048619)
prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis (GO:0060527)
morphogenesis of an epithelial fold (GO:0060571)
branch elongation of an epithelium (GO:0060602)
regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis (GO:0060687)

HOXD4
EMBRYON

http://biogps.org/#goto=genereport&id=3233
Biological Process
regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355)
multicellular organismal development (GO:0007275)
anterior/posterior pattern specification (GO:0009952)
embryonic skeletal system morphogenesis (GO:0048704)
stem cell differentiation (GO:0048863)

HOXD12
EMBRYON

http://biogps.org/#goto=genereport&id=3238

Biological Process
skeletal system development (GO:0001501)
regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355)
multicellular organismal development (GO:0007275)
pattern specification process (GO:0007389)
embryonic digit morphogenesis (GO:0042733)

HOXD9
EMBRYON

http://biogps.org/#goto=genereport&id=3235
Biological Process
multicellular organismal development (GO:0007275)
skeletal muscle tissue development (GO:0007519)
adult locomotory behavior (GO:0008344)
anterior/posterior pattern specification (GO:0009952)
proximal/distal pattern formation (GO:0009954)
mammary gland development (GO:0030879)
embryonic forelimb morphogenesis (GO:0035115)
hindlimb morphogenesis (GO:0035137)
positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO:0045944)
embryonic skeletal system morphogenesis (GO:0048704)
peripheral nervous system neuron development (GO:0048935)

HOXD3
CERVEAU/EMBRYON

http://biogps.org/#goto=genereport&id=3232
Biological Process
transcription, DNA-dependent (GO:0006351)
cell-matrix adhesion (GO:0007160)
Notch signaling pathway (GO:0007219)
multicellular organismal development (GO:0007275)
anterior/posterior pattern specification (GO:0009952)
positive regulation of gene expression (GO:0010628)
thyroid gland development (GO:0030878)
positive regulation of neuron differentiation (GO:0045666)
embryonic skeletal system morphogenesis (GO:0048704)
cartilage development (GO:0051216)

DLK1
EMBRYON

http://biogps.org/#goto=genereport&id=8788
Biological Process
multicellular organismal development (GO:0007275)
embryo development (GO:0009790)
post-embryonic development (GO:0009791)
embryonic skeletal system development (GO:0048706)

Meg3
EMBRYON

http://biogps.org/#goto=genereport&id=17263
Biological Process
in utero embryonic development (GO:0001701)
liver development (GO:0001889)
negative regulation of cell proliferation (GO:0008285)
determination of adult lifespan (GO:0008340)
post-embryonic development (GO:0009791)
gonadotropin secretion (GO:0032274)
RNA folding (GO:0034337)
multicellular organism growth (GO:0035264)
negative regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0045892)
positive regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0045893)
lung alveolus development (GO:0048286)
negative regulation of DNA biosynthetic process (GO:2000279)

JRKL
SYSTEME NERVEUX

http://biogps.org/#goto=genereport&id=8690
Biological Process
regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355)
central nervous system development (GO:0007417)

3) Conclusion

Ces gènes, rappelons-le, sont les gènes qui sont « le moins identiques » chez Néandertal et l’homme dit moderne, et qui donc, ont été modifiés le plus dans l’hybridation Néanderthal/Sapiens. Je préfère dire « les moins identiques » que « les plus différents », car si ces gènes sont dit « balayés » dans leur forme néandertalienne, ils peuvent la présenter quand même. Il s’agit simplement du pourcentage ou le taux de ressemblance est le plus bas. Nous dirons aussi que ces gènes ont été balayés dans leur forme néandertalienne, pour avoir acquis une ou des autre(s) forme(s), non pas « de type Sapiens », mais mutée(s).
Dans cet article, les gènes sont listés des plus rapidement (en moins de générations)balayés, au moins rapidement (en plus de générations) balayés; dans la Table S37 dans le compte rendu de Green et Reich c’est l’inverse. Il s’agit là d’un choix purement personnel, et qui prendra son sens dans l’article suivant.

Comme je l’ai expliqué précédemment, je n’ai pas détaillé tous les gènes, mais j’ai sélectionné ceux qui me semblaient le plus pertinents. Les gènes qui ne sont pas listés ci-dessus, mais présents dans les 5% de gènes dits « balayés » codent généralement pour les éléments suivants:
Fonctionnement de l’ADN
Fonctionnement des cellules
Fonctionnement de la coagulation du sang
Fonctionnement du système immunitaire
Fonctionnement du métabolisme

Les gènes relatifs aux trois premiers fonctionnements sont évidement importants, mais leur rôle direct est plus difficile à déterminer. Le fonctionnement du système immunitaire et surtout le fonctionnement du métabolisme est primordial dans notre étude, et nous y reviendrons, mais ils ne nécessitaient pas d’être listés ainsi car leur rôle n’est pas aussi diversifié dans ces deux domaines.

Vous pouvez vous rendre compte que la plupart des gènes listés codent de près ou de loin pour des éléments en rapport avec la tête, mais aussi des éléments en rapport avec la sexualité et la reproduction.
Rappelez-vous, à présent, la sexualité, la reproduction, et le métabolisme, sont les éléments directement transformés ou « mutés » génétiquement dans des cas d’hybridation animale…
Pour la tête et le complexe cerveau qu’elle contient, je vous laisse pensifs devant deux images qui en diront assez jusqu’au prochain article…

Atala Neanderthal European skull comparison

Neanderthal and modern European skull comparison

En haut: le crâne néandertalien de la Chapelle-aux-Saints (Corrèze, France), en bas: un crâne européen.

Atala Neanderthal modern European skull comparison

Modern european (left) and Neanderthal (right) skull comparison

Que s’est-il passé?